Berawal dari terus meningkanya minat masyarakat dalam melanjutkan studi tingkat sekolah menengah atas di Al-Multazam, sementara kondisi lahan di Ponpes Al-Multazam Maniskidul tidak mampu menampung seluruh calon santri yang mendaftar di Al-Multazam. Maka sejak tahun 2015 berdirilah pondok Pesantren Al-Multazam 2 di Desa Linggajati, Kecamatan Cilimus, Kabupaten Kuningan.
SMAIT AL-MULTAZAM 2 Linggajati merupakan pengembangan dari Pondok pesantren Terpadu Al-Multazam di bawah YPI AL-Multazam Husnul Khotimah. Berawal dari terus meningkanya minat masyarakat dalam melanjutkan studi tingkat sekolah menengah atas di Al-Multazam, sementara kondisi lahan di Ponpes Al-Multazam Maniskidul tidak mampu menampung seluruh calon santri yang mendaftar di Al-Multazam. Maka sejak tahun 2015 berdirilah pondok Pesantren Al-Multazam 2 di Desa Linggajati, Kecamatan Cilimus, Kabupaten Kuningan.
Pada awalnya 3 tahun setelah didirikan Ponpes Al-Multazam 2 (ada lulusan SMPIT AM2), akan dibuka SMAIT AL-Multazam2 di lokasi yang sama. Akan tetapi karena sarana dan prasarananya belum siap maka Operasional SMAIT AL-Multazam 2 Linggajati baru dimulai pada tahun pelajaran 2019/2020. Pada bulan Maret 2019, turunlah ijin Prinsip mengenai pendirian SMAIT AL-MULTAZAM 2 LINGGAJATI dengan nomor 503/4579 – SetDisdik dari Dinas Pendidikan Propinsi Jawa Barat. Adapun ijin operasional juga sudah sudah didapatkan pada tahun 2019
Pada tahun pertama, SMAIT Al-Multazam 2 menerima 175 siswa (Putra) yang dibagi sebanyak 6 rombel (4 kelas jurusan IPA dan 2 kelas jurusan IPS). Pada tahun awal berdirinya, SMAIT AL-Multazam 2 Linggajati dinahkodai oleh Ust Edi Gunarto, S.Pd sebagai kepala sekolah, dibantu oleh Ust M. Saefudin, S.Si.Gr sebagai Wakasek Kurikulum dan Ust Encu Ardiansyah, S.Pd sebagai Wakasek bidang Kesiswaan.
D’BEST : Disiplin, Beradab, Elaborasi, Semangat Berprestasi, dan Tuntas menjadi jargon sekolah ini.
Struktur dan sistem yang ada di SMAIT Al-Multazam 2 Linggajati mengadopsi dari sistem yang sudah ada di SMAIT AL-Multazam dimana kepala sekolah dan wakil dibantu oleh struktur sekolah lainnya yang ditunjuk sebagai staff Wakasek dan Penanggungjawab beberapa kegiatan sekolah. Untuk tahun pelajaran 2019/2020, Struktur sekolah selain dari staff wakasek juga terdapat penanggunjawab diantaranya penanggungjawab Ekskul, OSN Literasi dan Fieltrip, Greenschool, Ulangan Umum, serta penanggungjawab Sistem Informasi.
Sekolah ini memiliki jargon D’BEST yang merupakan singkatan dari Disiplin, Beradab, Elaborasi, Semangat Berprestasi, dan Tuntas.
